Сейчас могу написать только в общих словах как я это делал для меги128. Думаю и для меги8535 можно аналогично.
1. Считываешь FUSE-биты в файл fuse.bin.
uisp -dlpt=/dev/parport0 --segment=fuse --download of=fuse.bin -v=0 -dprog=dapa --hash=32
2. Правишь в любом редакторе файл fuse.bin. В каком байте какие фузы - не помню, но это легко выяснить сопоставив значения байтов со значениями по умолчанию которые есть в документации. Там всего несколько байт.
3. Конвертируешь файл fuse.bin в fuse.hex.
arm-elf-objcopy -I binary -O ihex fuse.bin fuse.hex
4. Записываешь FUSE-биты в контроллер.
uisp -dlpt=/dev/parport0 --segment=fuse --upload -v=0 if=fuse.hex -dprog=dapa --hash=32
Примерно так.
Мой способ скорее всего не совсем рациональный - но другого я не придумал
Если все получилось, то файлик fuse.hex переименовываешь в fuse_atmega8535.hex и ложишь в каталог ./fuses.
После этого фузы для atmega8535 будут прошиваться автоматически по команде "make load"