только следует различать истинный (Flat Real Mode или Unreal Mode) и Чистый Защищённый Режим.
В первом случае - процык находится в реальном режиме, но может обращаться к данным по 32-битным адресам. И стараются чтоб программный адрес совпадал с физическим! Тоесть у всех селекторов GDTR поле BASE делают =0
В защищённом режиме - всё 32-битно, и обычно базы cs,ds,ss,es,fs,gs могут различаться.
А dosextender - это вообще отдельная песня! Там виртуальный режим, но сохраняется доступ к 32-битности
И вообще, куча всяких стандартов (DPMI,VCPI,EMS,EMM) понаделали кучу проблем, связанных с совместимостью и поддержкой.
ИМХО оставить надо только Flat RM + DPMI