Правильно. Проблема не в IDE vs command line.
command line utilities здесь совершенно ни к месту упомянуты. Суть не в том, что они command line. Суть в использовании
произвольного набора программ vs так называемого IDE, где ряд наиболее полезных функций выведены на тулбар, в менюшки и окошки. Суть в том, что этот произвольных набор программ чаще имеет
диалоговый интерфейс, как, на самом деле, более естесственный для человека (человек думает таки языком, не важно русским или компьютерным, а тычки мышью -- их ни запомнить, ни записать).
IDE принципиально ограничена -- она представляет конечный набор функций и не позволяет их никак комбинировать между собой. Другое дело, что ряд функций может показаться достаточно полезным. Есть конечно аналоги с похожей функциональностью не являюшиеся IDE, различные надстройки над редакторами (кстати, один из доводов против IDE -- желание использовать привычный и удобный редактор вместо весьма ограниченного и к тому же разного в каждом IDE) которые в чём-то отчасти восполняют функциональность IDE, в чём-то даже сильно превосходят. Так, например, для редактора vim имеются средства навигации по текстам программ, зачастую на порядки превосходящие что имеется в примитивных IDE вроде MPLAB. Для разгребание запутанных исходников так же есть cscope или red hat sourcenavigator.
Или вот make -- сложно, запутано? Нет, не так. На самом деле предельно просто, лучше чем те же команды записать в *.bat. Просто надо понимать концепцию декларативного программирования. Но если сравнить опять с тем же MPLAB -- он (MPLAB) весьма ограничен и не позволяет задать произвольные правила сборки C-программ. А ведь в более-менее большом проекте есть не только C-программы. Вообще не только программы. Для которых хотелось бы иметь
формальный способ записи сценария их обработки[i] -- выставление галочек в IDE, даже если предположить, что IDE такими возможностями обладает, сложно назвать подходящим способом [i]записи -- просто потому, что такую "запись" на бумаге, например, не записать -- в данном случае под записью следует понимать файл проекта IDE, но он куда менее читаемый, чем аккуратно написанный (не путать с автоматически сгенерированным, например, посредством autotools) Makefile.
Говорить вообще можно о чём угодно -- свобода слова, гласность, плюрализм мнений, перестройка... Некоторые это, правда, плохо понимают, может совковость мЫшления мешает.